Вычислительный компьютерный эксперимент во многом аналогичен обычному (натурному). Это и планирование экспериментов, и создание экспериментальной установки, и выполнение контрольных испытаний. Затем следует проведение серийных опытов, обработка экспериментальных данных, их интерпретация и т. д. Однако вычислительный эксперимент проводится не над реальным объектом, а над его математической моделью, и роль экспериментальной установки играет оснащенная специально разработанной программой ЭВМ.
Вычислительный эксперимент становится всё более и более популярным. Им занимаются во многих институтах и вузах: например, в МГУ, МПГУ, Институте цитологии генетики СО РАН, Институте молекулярной биологии РАН и других. Учёные уже могут получать важные научные результаты без реального «мокрого» эксперимента. Для этого есть не только компьютерные мощности, но и необходимые алгоритмы, а главное — понимание. Если раньше разделяли: in vivo, in vitro, то теперь добавился ещё вычислительный эксперимент, или in silico. Фактически, он становится самостоятельной областью науки. всяком
Достоинства вычислительного эксперимента очевидны. Вычислительный эксперимент, как правило, дешевле физического. В этот эксперимент можно легко и безопасно вмешиваться. Его можно повторить и прервать в любой момент. В ходе этого эксперимента можно смоделировать условия, которые не получается воссоздать в лаборатории.
При проведении исследований важно помнить, что вычислительный эксперимент имеет свои ограничения, так как не может полностью заменить натурный, и будущее за их разумным сочетанием.